Homo naledi (2/3)

Venons en donc aux faits publiés par Lee Berger et ses collègues à propos d'Homo naledi, et à leurs interprétations. L'article de description anatomique des restes retrouvés est en libre accès, mais franchement, je ne conseille pas de le lire : il est très technique.

La découverte est extraordinaire. Il faut le redire car ce sentiment est unanimement partagé par tous les paléoanthropologues avec lesquels j'en ai parlé. Les auteurs rapportent en effet un total de 1413 restes osseux et 137 dents (sachant que 53 dents sont encore solidaires d'os maxillaires ou mandibulaires). Il faut attendre ensuite des périodes très récentes, il y a moins de 10 000 ans, pour retrouver en un même lieu une telle quantité de restes si bien conservés. Ces restes représentent en outre presque toutes les parties du corps : crânes, dents et mandibules, comme souvent, mais aussi squelette « post crânien », c'est-à-dire du tronc et des membres, beaucoup plus rares.

Pour autant, aucun des experts que j'ai interrogés n'adhère à l'idée qu'il s'agisse d'une nouvelle espèce. Pour José Braga, de l'université Paul Sabatier à Toulouse, c'est sans discussion un Homo erectus (ou, pour ceux qui préfèrent réserver cette appellation aux formes asiatiques, un Homo ergaster). C'est-à-dire un hominidé ancien, mais que l'on a déjà retrouvé dans le site de Swartkrans, à quelques centaines de mètres du site de Rising Star qui a livré Homo naledi, ainsi qu'en Afrique de l'est. Bruno Maureille, du laboratoire PACEA du CNRS et de l'université de Bordeaux, est moins catégorique, mais selon lui, le crâne est aussi fortement évocateur d'Homo erectus. Et la face rappelle des fossiles trouvés à Dmanisi, en Georgie, datés de 1,8 million d'années, et reclassés en 2013 sous le nom Homo erectus ergaster georgicus. C'est aussi l'avis de Tim White, de l'université de Berkeley, rapporté par The Guardian.

L'article de Lee Berger et de ses 46 collègues propose un grand nombre de comparaisons des différentes parties du squelette avec d'autres fossiles d'hominidés, des australopithèques aux Homo récents. Et ils concluent à une mosaïque de caractères, certains plutôt modernes (Homo), d'autres plus archaïques (Australopithecus). Sans doute, toutefois, auraient-ils dû prendre plus de temps avant de publier (deux ans se sont écoulés seulement depuis que Lee Berger a eu connaissance du site). Nombre de leurs comparaisons s'appuient en effet sur des données publiées, pas sur l'observation directe des fossiles. Et le manque d'analyse quantitative laisse la porte ouverte à toutes les subjectivités.

Variabilité, est le mot à retenir dans cette affaire. « Les phalanges des doigts qu'ils jugent courbées, explique José Braga, ils n'en mesurent pas la courbure. Et l'ont-ils comparée avec la variabilité humaine actuelle? Probablement pas, étant donné que l'on ne connaît même pas cette dernière. » De la même façon, selon lui, les incertitudes sur la stature des individus (calculée à partir de la longueur du tibia) et sur la taille de l'encéphale sont importantes. Au point que le « petit cerveau » de ces individus, ne serait, en proportion, pas plus petit que celui d'un Homo erectus, dans la limite des connaissances actuelles bien entendu.

L'exemple de Dmanisi, évoqué plus haut, devrait pourtant inciter à la prudence. Comme l'expliquait en 2008 dans La Recherche David Lordkipanidze, qui y dirige les fouilles, si les différents crânes qui y ont été retrouvés n'avaient pas été si proches les uns des autres, on aurait pu les classer dans deux ou trois espèces différentes.

Pour ce qui concerne la mosaïque des fossiles de Rising Star, existe-t-elle seulement? Quelle est la signification des caractères « archaïques » du squelette post crânien et quel poids leur accorder? On ne connaissait jusqu'ici que très mal le squelette post crânien d'Homo erectus. Le plus vraisemblable est que l'on vient enfin de découvrir de quoi l'étudier vraiment. Espérons que les auteurs s'en donneront la peine, et qu'ils utiliseront pour cela les techniques modernes, notamment la numérisation 3D et l'analyse statistique, qui font cruellement défaut au présent article.

Homo naledi (1/3)

L'emballement médiatique en fin de semaine dernière à propos de la découverte d'Homo naledi dans le site sud-africain de Rising Star s'est révélé inversement proportionnel à sa durée et à la distance critique apportée par la plupart des confrères sur le sujet. J'ai pris le temps de lire en détail les deux articles scientifiques, publiés dans eLife, revue gratuite (je vais y revenir), de visionner la conférence de presse qui a annoncé la découverte, et de parler avec quelques paléoanthropologues après qu'ils aient eux-mêmes lu les articles (ce qu'aucun d'entre eux n'avait pu faire avant l'annonce). C'est pourquoi mon analyse ne vient que presqu'une semaine après l'annonce. Et pour ne pas noyer mes lecteurs, je l'ai découpée en trois posts, publiés sur trois jours : un petit feuilleton bien justifié par l'importance de la découverte.

Les questions qui intéressent la plupart des personnes qui suivent ces questions concernent la classification possible de ces nouveaux fossiles : s'agit-il d'une nouvelle espèce? Comment la positionner par rapport à ce que nous connaissions précédemment? Nous informe-t-elle sur l'évolution humaine, et de quelle manière? Mais pour ménager un peu de suspens, une fois n'est pas coutume, je n'en traiterai que dans mon second post. Le troisième sera consacré à l'étonnant site de la découverte.

D'abord, et pour lever toute ambiguïté, la reconnaissance de l'importance des découvertes est unanime. Nulle part ailleurs dans le monde on n'a retrouvé autant de restes d'hominidés (environ 1 500 pour l'instant) si concentrés et si bien conservés. D'un coup, on a la photographie d'une populations, avec différentes catégories d'âge. Quelles que soient les interprétations que l'on en fera (et que l'on en fait déjà), Rising Star est l'un des sites les plus importants pour la paléoanthropologie. Personne ne remet cela en question.

Il me semble toutefois important, pour commencer, de revenir sur les conditions de l'annonce et de la publication. Contrairement aux habitudes en vigueur dans le domaine, l'annonce a été faite lors d'une conférence de presse, jeudi 10 septembre, sans que les articles scientifiques aient été préalablement diffusés à la presse. Cette pratique, l'embargo, permet aux journalistes, notamment aux journalistes spécialisés, de faire correctement leur travail. Par exemple d'envoyer ces articles à des scientifiques experts, pour que ceux-ci puissent faire des commentaires éclairés sur les revendications des auteurs. Là, rien de tel. Et ce n'est pas faute, en ce qui me concerne, d'avoir sollicité de façon continue, et encore ces dernières semaines, l'un des principaux auteurs, qui m'avait laissé entrapercevoir quelques photos des fossiles il y a bientôt un an lors d'un colloque.

La conséquence de cela a été un emballement médiatique totalement incontrôlé. Les rédactions en chef de journaux habituellement indifférents à la science ont exigé de pouvoir en parler rapidement. Les journalistes en poste ont fait ce qu'ils ont pu. L'article du Monde est édifiant à cet égard : Hervé Morin a interrogé Michel Brunet et Yves Coppens qui n'avaient manifestement pas lu les articles, et qui ne font que des remarques assez générales ; et il a cité Tim White cité par TheGuardian. Et c'est l'un des meilleurs articles que j'ai vu passer en français.

La conférence de presse elle-même, visible sur Youtube, est un exemple de fusion entre la science, la politique et le spectacle. Lee Berger, le principal auteur, ne commence à y parler en effet précisément de la découverte qu'au bout de 36 minutes, et cela ne dure qu'à peu près 30 minutes, sur 1h40. Pour le reste, le vice-président Cyril Ramaphosa, le vice chancelier de l'Université de Witwatersrand et un responsable de National Geographic font savoir comme tout cela leur fait plaisir et est important pour eux.

Les deux premiers cités revendiquent aussi abondamment le fait que la publication soit faite dans une revue électronique en accès libre : c'est « gratuit pour 7 milliards d'humains », dit même l'un d'eux. Et une intervention video de Randy Schekman, américain, prix Nobel de physiologie/médecine en 2013, fondateur et directeur de la revue eLife où les articles sont publiés vient appuyer le propos. Je m'interroge toutefois : si le but est la diffusion gratuite de la science sud-africaine, pourquoi Lee Berger et ses collègues ont-ils soumis 12 articles à Nature (ils sont en cours de révision), détaillant les différents aspects de leur découverte? Nature n'est pas (encore?) en accès libre. Et pourquoi National Geographic, qui n'est pas non plus un magazine gratuit, est-il omniprésent dans la communication?

J'ai quelques hypothèses pour répondre à ces question. Elle ne sont pas exclisives les unes des autres.

1/ Lee Berger, dont de précédentes annonces ont été fort controversées (par exemple celle d'uneprétendue population d'hommes nains sur l'île de Palau, en 2008), aurait décidé de faire bras d'honneur au système classique. Il jugerait sa position assez forte, avec la grande quantité de fossiles collectés, pour se passer de celui-ci (mais alors pourquoi ses publications sous presse dans Nature?) ;

2/ il aurait saisi l'occasion pour sécuriser l'intérêt gouvernemental pour la recherche paléoanthropologique et les financements afférents. Permettre au vice-président de se faire mousser sur un sujet aussi consensuel est de bonne politique (lors de la conférence de presse, les allusions de celui-ci sur la crédibilité qu'il accorde désormais au vice chancellier de l'université de Witwatersrand plaide en ce sens) ;

3/ la publicité faite à Lee Berger aurait pour but d'attirer à lui les prochaines découvertes faites au hasard par des spéléologues ou des promeneurs. Le site de Rising Star lui a en effet été « apporté » par des spéléologues qui avaient remarqué des ossements lors de leurs explorations en 2013 (de précédents visiteurs étaient restés plus discrets). La concurrence est rude entre paléoanthropologues en Afrique du sud pour la connaissance et l'accès aux sites ;

4/ la stratégie publicitaire aurait été demandée par National Geographic, qui a financé en partie les fouilles, et qui veut un retour sur investissement : dans le monde entier, des lecteurs alléchés par les annonces médiatiques peu précises vont légitimement vouloir acheter des magazines détaillant la découverte et sa signification. Il n'y en a qu'un pour l'instant : National Geographic, avec toutes ses déclinaisons nationales à brève échéance ;

5/ enfin, les articles auraient été refusés par Nature et Science, réceptacles ordinaires de ce genre d'annonces, car les analyses n'ont pas été jugées suffisantes par les relecteurs pour justifier la création d'une nouvelle espèce. Je détaillerai ce point demain.

Images de Russie

J'étais en mode tourisme le week-end dernier, ce qui m'a un peu détourné de l'écriture d'un post sur Homo naledi. Mais rassurez-vous, ça va venir.

En attendant, voici quelques images (pas très bonnes, je ne suis pas équipé pour photographier à travers les vitrines) prises au rez-de-chaussé du Musée de l'Ermitage de Saint-Petersbourg, et en relation avec les sujets traités dans ce blog.

Deux statuettes anthropomorphes découvertes à Kostenki, dans la bassin du Don, datées de 22 000 à 23 000 ans.

 Une autre, contemporaine, provenant de la vallée du Yenissei.

Et celles-ci, qui représentent peut-être des oiseaux, toujours de la même période, dans le bassin de l'Angara.

Je ne sais pas pour vous, mais je suis personnellement toujours très ému de voir les originaux (j'ai bien regardé les notices, partiellement en anglais, je n'ai pas trouvé d'indications qu'il s'agisse de copies). Et je reste confondu que ces pièces soient si peu mises en valeur : à côté, les toiles d'Hubert Robert et de quelques autres peintres français de deuxième rang, qui occupent les murs des plus belles salles du Palais d'Hiver, n'ont à mon avis aucun intérêt.

Quand il y a de la hyène...

Jean-Louis Hartenberger, éminent paléontologue, a récemment publié sur le Dinoblog un post intitulé Le rire de la hyène des cavernes, c'est du pipeau (comme quoi, le titre du présent post n'est pas si répréhensible). Il y fait écho d'un article publié par Cajus Diedrich dans le journal scientifique Royal Society Open Science intitulé ‘Neanderthal bone flutes’: simply products of Ice Age spotted hyena scavenging activities on cave bear cubs in European cave bear dens soit à peu près "Les flûtes en os néandertaliennes : seulement le produit des activités de charognage des hyènes tachetées de l'âge de glace sur des oursons des cavernes dans les tanières européennes des ours des cavernes". L'auteur aurait pu faire un titre plus court. Surtout, il aurait pu s'abstenir de publier un article si peu intéressant.

Pour résumer, à plusieurs reprises au cours du XXe siècle, des préhistoriens ont affirmé que des os d'ours percés, attribués à des périodes plus ou moins bien datées entre 30 000 et 40 000 ans, auraient été des flûtes. Les trous auraient été percés volontairement par des hommes. Aucun préhistorien sérieux n'a jamais pris ces affirmations pour argent comptant.

Le cas le plus célèbre est celui de la "flûte" de Divje Bab, en Slovénie, présentée en 1995. C'est d'ailleurs de celle-ci que traite essentiellement Cajus Diedrich dans son article. Le seul (mais important) problème est qu'il semble ne jamais l'avoir étudiée lui-même! Voilà donc un étrange article qui prétend se prononcer sur la nature de vestiges archéologiques sans les avoir analysés autrement que par photographies interposées.

Pour les lecteurs intéressés, le cas de la "flûte de Divje Bab" a été réglé dès 1998 par Francesco d'Errico, du CNRS, et plusieurs collègues dans un article d'Antiquity. Ces chercheurs ont analysé des os d'ours provenant de sites où aucune présence humaine n'est connue, et s'en sont servi comme échantillon de référence pour analyser les trous de l'os de Divje Bab, qu'ils ont observé très attentivement au microscope. Francesco d'Errico a confirmé son analyse dans un autre article, en 2003 : il n'y a AUCUNE raison de penser que ces trous n'ont pas été produits par un carnivore, probablement un ours des cavernes (d'autres chercheurs ont aussi publié dans ce sens à la même époque).

Cajus Diedrich, lui, ne donne aucune information quant à la façon dont il a étudié des os d'ours percés provenant de plusieurs grottes. Il renvoie en partie à des articles antérieurs qu'il a publiés. De façon étonnante, il n'évoque pas non plus le fait que certains trous auraient pu être formés non pas par mastication, mais au cours de la digestion des hyènes, qui régurgitent ensuite les os.

Bref, le titre de cet article est trompeur, et il ne contient pas les données pour discuter sérieusement du sujet qu'il prétend traiter. Mon hypothèse est que Cajus Diedrich a essayé de se faire de la publicité en enrobant de façon accrocheuse ses analyses d'os d'ours modifiés par l'intervention de hyènes. C'est beaucoup moins sexy que les flûtes.

Pour finir, je remarque que tous les articles publiés par Cajus Diedrich sont signés de lui seul. C'est assez rare dans le contexte actuel de la recherche. En allant voir sur le site Web qu'il indique en référence, je constate aussi qu'il a publié ces dernières années sur des sujets aussi divers que des empreintes de dinosaures, des vertébrés du Trias ou des environnements du Permien (là encore, assez souvent seul). Sa quantité de publication est d'ailleurs assez impressionnante. C'est un autre signe d'alerte quant au sérieux de ce "chercheur".

Numérisation des fossiles vs ADN ancien

J'ai passé une partie de mon après-midi d'hier, 1er juillet, dans l'amphithéâtre de la galerie d'anatomie comparée et de paléontologie du Muséum national d'histoire naturelle. Le lieu est désuet, mais Antoine Balzeau y présentait une synthèse de ses travaux en paléoanthropologie, afin d'obtenir son Habilitation à diriger les recherches, et il était question de nouvelles technologies, et d'éthique.

Je ne rapporterai pas ici la présentation d'Antoine Balzeau. Il me suffit de dire qu'il est co-responsable de la plateforme AST-RX (prononcez Asterix) au Muséum : accès scientifique à la tomographie à rayons X. Et que ses travaux reposent sur l'étude, à partir d'images numérisées obtenues par tomographie, justement, de crânes d'hominidés anciens et de grands singes. C'est l'une des étoiles montantes de l'anthropologie virtuelle : plus besoin d'étudier les fossiles directement, si l'on dispose de modèles numériques assez précis après un scanner aux rayons X (je résume, c'est quand même un peu plus compliqué que ça).

Il a ainsi étudié la structure crânienne des chimpanzés, des hommes modernes, des néandertaliens. Il s'est également intéressé à des caractères particuliers sur les quelques spécimens d'australopithèques connus. Il a aussi analysé certains aspects du crâne de l'homme de Florès, au statut si controversé (il a un article sous presse à ce sujet).

Au delà de toutes ces remarquables études (j'ai noté au passage quelques références sur lesquelles j'essaierai de revenir dans un avenir pas trop lointain), j'ai découvert une question éthique liée à ces travaux que je n'avais jamais perçue encore. C'est Jean-Jacques Hublin, de l'institut Max Planck de Leipzig, en Allemagne, membre du jury, qui l'a formulée explicitement.

Depuis quelques années, les paléogénéticiens parviennent à extraire et à analyser les séquences d'ADN contenues dans des ossements fossiles d'où l'on pensait que ce ne serait jamais possible. Pour ne donner qu'un exemple, une équipe dirigée par Eske Willerslev, du Museum d'histoire naturelle de Copenhague, au Danemark, a ces dernières semaines présenté l'ADN de l'homme de Kennewick, un américain daté de 8 500 ans, ce qu'une précédente analyse, il y a une dizaine d'années, n'avait pas réussi à faire. On peut espérer dans un avenir plus ou moins proche, séquencer l'ADN d'individus très anciens.

Or, si dans le même temps on soumet tous ces ossements anciens à des faisceaux de rayons X afin d'en obtenir des images numériques à très haute résolution, on risque de dégrader l'ADN fossile encore plus. Plus ou moins pour les mêmes raisons qu'il est déconseillé de passer trop de radios médicales. Cela compliquerait, voire rendrait impossible, la tâche des paléogénéticiens.

Il y a seulement dix ans, les conservateurs des collections paléontologiques recevaient avec beaucoup de méfiance les demandes des paléogénéticiens qui voulaient prélever quelques morceaux d'os sur les spécimens afin d'y rechercher de l'ADN. Quand on voit le trou réalisé dans le bras du Neandertal original pour la première analyse d'ADN de ce groupe humain en 1997, on les comprend. La plupart cèdent aujourd'hui plus facilement : les prélèvements sont plus restreints, et les résultats plus assurés. Ils étaient sans doute moins réticents vis-à-vis de la numérisation, qui leur laissait espérer une moindre manipulation des fossiles eux-mêmes (et donc une meilleure conservation de ceux-ci). Ils vont désormais devoir faire des choix plus difficiles.

Il n'y aura sans doute pas de solution unique retenue dans le monde entier. Mais il devient urgent de diffuser des bonnes pratiques (Jean-Jacques Hublin a mentionné la parution prochaine d'un article à ce sujet). Et de mettre tous les paléontologues, généticiens et anatomistes, autour d'une table pour qu'ils dépassent ensemble leurs points de vue particuliers.

Lascaux 4 et l'archéologie

Mardi 23 paraîtra dans L'Humanité un petit article que j'ai écrit après ma visite à l'Atelier des fac-similés du Périgord (AFSP), qui travaille en ce moment, et pour encore de nombreux mois, à la fabrication d'une réplique quasi complète de la grotte de Lascaux. Cette réplique prendra place dans le bâtiment du Centre international de l'art pariétal, actuellement en construction à Montignac. Je vous livre ici quelques remarques à propos des liens entre ce travail de réplique et l'archéologie, qui sortaient du cadre de l'article.

D'abord, le travail de reproduction "à l'identique" n'implique pas que les peintres et les graveurs contemporains cherchent à reproduire les gestes de leurs prédécesseurs d'il y a environ 18 000 ans. Seul le résultat compte! Par exemple, les gravures sont systématiquement réalisées d'abord, quelle que soit leur position réelle par rapport aux dessins et aux peintures. La couleur est déposée autour, ou au fond des traits, selon ce que l'on observe aujourd'hui.

Pas d'archéologie expérimentale donc dans cette fabrication de réplique, pas de tests d'hypothèses sur la façon dont a été peint tel ou tel ensemble de figures. Les délais, très brefs (31 mois pour 950 mètres carrés de panneaux), ne le permettaient pas. Et la reproduction de zones où les peintures ont été très dégradées par les courants d'air sur les parois nécessite de ne peindre que les résidus de celles-ci.

Ensuite, concernant les gravures, j'ai longuement discuté avec Gilles Lafleur, l'un des principaux artistes de l'AFSP. Dans le Passage, par exemple, mais aussi dans l'Abside et dans la Nef, trois parties de la grotte qui n'avaient pas été reproduites pour Lascaux 2 (certains panneaux de la Nef sont présentés dans l'exposition dite Lascaux 3, ainsi que dans le centre d'interprétation du Thot), les gravures présentes sur les parois sont extrêmement nombreuses, et très enchevêtrées. Et elles n'ont jamais été étudiées complètement.

Les travaux de l'abbé Glory, dans les années 1950 et 1960, se sont arrêtés en 1963, à la fermeture de la grotte au public. Et sa mort brutale, dans un accident de voiture en 1966, ne lui a pas laissé le temps de publier ses résultats. Ses calques de relevé, retrouvés en 1999, ont été numérisés, et sont utilisés par Gilles Lafleur, qui les a recollés numériquement sur le modèle 3D de la grotte issu du relevé laser. En étudiant attentivement l'ensemble, afin de préparer le travail de gravure, il a découvert plus d'une centaine de figures animales supplémentaires, soit une augmentation de près de 15%.

Malheureusement pour l'archéologie, Gilles Lafleur n'est pas préhistorien. Et il n'a pas le temps, il a une grotte complète à reproduire (avec une trentaine de collègues quand même). J'ai donc senti qu'il était peu probable qu'il publie un jour ses résultats. Ce serait pourtant diablement intéressant. En particulier, cela équilibrerait peut-être les comptages par espèces des animaux représentés dans la grotte. Les spécialistes d'art pariétal préhistorique sauront-ils faire taire leurs querelles, afin que des doctorants soient autorisés (que dis-je, soutenus et encouragés) à étudier ces gravures à partir de la modélisation numérique de la grotte? Connaissant le milieu, hélas, je n'y crois pas trop.

Déjeuner de fouilles

Ma dernière visite prévue, Lascaux 2, était terminée. Avant de quitter la Dordogne, je me suis toutefois arrêté à Montignac afin de m'approvisionner en produits locaux, toujours appréciés des autochtones de la banlieue parisienne. Bien m'en a pris : j'y ai rencontré un préhistorien!

Bruno Maureille, directeur du laboratoire PACEA du CNRS et de l'université de Bordeaux sortait de plusieurs rendez-vous consacrés à un site local dont il souhaite relancer les fouilles. Il se dirigeait vers un magasin du type de ce que je visais : rendant visite pour le déjeuner à une équipe de fouille, il souhaitait leur apporter un peu de foie gras, de magret et de boisson légèrement alcoolisée pour faire descendre. Sa longue fréquentation des lieux lui ayant donné une bonne connaissance des adresses utiles en pareil cas, je l'ai suivi. Et après nos approvisionnements respectifs, j'ai continué à le suivre, en voiture cette fois, jusqu'au village du Moustier.

Là, une équipe dirigée par Bradley Gravina était en pleine pause méridienne, à même le sol. Munis des provisions, nous avons rejoint la partie. La vie est dure pour les fouilleurs (en l'occurrence, j'ai vu déjà des conditions logistiques meilleurs pour de telles fouilles).

Le site fouillé l'a déjà été. Mais avant la Première Guerre mondiale, par Otto Hauser, puis par Denis Peyrony, qui y ont chacun trouvé des sépultures neandertaliennes. Le squelette dégagé par Hauser est parti à Berlin, où il a été en grande partie détruit par les bombardements de la Deuxième Guerre mondiale. Celui dégagé par Peyrony, un enfant,  s'était perdu dans les réserves du Musée national de préhistoire, jusqu'à ce que Bruno Maureille le redécouvre et l'étudie, au milieu des années 1990.

Bref, ce site n'a jamais été fouillé avec des méthodes modernes. Il s'agit pour les préhistoriens de réviser les associations réalisées par Peyrony entre la faune et les "techno-complexes lithiques" (les modes de tailles et les types d'outils retrouvés) pour chacune des couches. Ils n'en sont qu'au tout début, mais ils auront de quoi faire, tant ils retrouvent d'outils (et de faune, dans certaines couches).

J'ai compris que le public serait accueilli sur place lors des prochaines journées nationales de l'archéologie. Si vous êtes dans le coin, allez-y.